Fundacja Rozwoju Systemu Edukacji posiada osobowość prawną. Fundatorem jest Skarb Państwa, a reprezentuje i wykonuje jego uprawnienia minister właściwy do spraw skarbu państwa. Ministrem właściwym ze względu na cele Fundacji jest Minister Edukacji i Nauki.

Organem Fundacji jest Rada (https://www.frse.org.pl/wladze-frse), w skład której może wchodzić od 7 do 9 członków, w tym przewodniczący i jego zastępca. Jej kadencja trwa 4 lata. Radę powołuje i odwołuje Fundator w porozumieniu z Ministrem Edukacji i Nauki. Czynności w imieniu Rady dokonuje przewodniczący lub jego zastępca. Przewodniczący nawiązuje stosunek pracy z członkami Zarządu Fundacji. Rada przede wszystkim określa kierunki działalności Fundacji oraz uchwala zasady wydatkowania jej środków. Rada jest jednocześnie Komitetem kierującym dla programów w dziedzinie edukacji.

Zarząd (https://www.frse.org.pl/wladze-frse) może liczyć od 3 do 5 członków powoływanych i odwoływanych przez Radę, a w jego skład wchodzą: Dyrektor Generalny, zastępca i jego członkowie. Zarząd ma za zadanie kierować działalnością Fundacji zgodnie z regulaminem i reprezentować ją na zewnątrz. Zarząd prowadzi wszelkie sprawy, które nie są zastrzeżone w statucie dla Rady.