Fundacja pod nazwą „Fundacja Rozwoju Systemu Edukacji” została ustanowiona przez – działającego w imieniu skarbu państwa - Ministra Edukacji Narodowej Zdobysława Flisowskiego.
Fundację zarejestrowano 11 października 1993 r. w Sądzie Rejonowym dla miasta stołecznego Warszawy, Wydział XVI (Sygn. Akt XVI NS Rej. F 1647/93) i działa na podstawie: statutu http://www.frse.org.pl/statut i ustawie o fundacjach z dnia 6.04.1984 r. (publikacja: Dz. U. z 1991 r. nr 46, poz. 203, z 1997 r. nr 121, poz. 769, z 2000 r. nr 120, poz. 1268, z 2003 r. nr 162, poz. 1568 oraz z 2005 r. nr 167, poz. 1398 i nr 175, poz. 1462)